ניתן לסווג מזגנים מרובי-מפוצלים בשלוש דרכים עיקריות:
מבוסס על שיטת בקרת זרימת קירור:
הם מחולקים לסוגי-תדירות קבועים ותדרים-משתנים. דגמי תדר- קבועים מווסתים את הטמפרטורה על ידי הפעלת המדחס במהירות קבועה, בעוד שדגמי תדרים משתנים- שולטים בטמפרטורה על ידי שינוי מהירות המדחס.
מבוסס על סוג פונקציה:
הם כוללים קירור-בלבד, משאבת חום (קירור/חימום), שחזור חום (קירור/חימום/שחזור חום) ואחסון תרמי (כולל אחסון קר). ניתן לחלק עוד יותר את סוגי התאוששות החום לשתי מערכות -צינור ושלוש- צינורות, התואמות לשיטות שונות של שחזור חום.
מבוסס על סוג מדיום קירור:
הם מחולקים לסוגים-מקוררים במים ו-מקוררים באוויר. סוגים מקוררים במים דורשים מערכת מי קירור, בעוד שסוגי אוויר-מקוררים משתמשים באוויר לפיזור חום.